Protein-Struktur und Funktion: Die Möglichkeiten und Probleme der Computersimulation aus der Sicht des Experimentators

摘要: Die drei-dimensionale Struktur eines Proteins ist die Grundlage seiner spezifischen Funktion. Obwohl Gentechnologie heute erlaubt, Proteine beliebiger Aminosaure-Sequenz herzustellen, Vorhersage von und Eigenschaften noch nicht moglich, das enorme Potential der neuen experimentellen Methoden kann deshalb voll technisch ausgenutzt werden. Es zunachst notwendig, zu entwickeln, in verlaslicher Weise sehr geringen Betrage Wechselwirkungsenergien Vorhersagen, bei biologischen Prozessen wie Proteinfaltung Protein-Liganden-Wechselwirkungen entscheidende Rolle spielen. Dafur sind, um auch nur einer qualitativ korrekten Aussage uber freie Energien kommen, genaue Berechnungen notig. Viele solcher Prozesse verlaufen nach rein enthalpischen Prinzipien, sondern Entropieterm spielen, Entropie statistische Thermodynamik aufwendigen Simulationen zuganglich. Der Artikel diskutiert Fortschritte Molekulardynamik mit empirischen Kraftfeldern Fallbeispiele an einem Antikorper-Antigen-Komplex, dieser Methode verschiedenen Ansatzen analysiert wurde.