Datenbankenunterstützung für das Protein-Protein-Docking: ein effizienter und robuster Feature-Index

摘要: In der vorliegenden Arbeit schlagen wir eine Architektur fur ein Dockingsystem vor, das zu einem gegebenen Anfrageprotein alle moglichen Dockingpartner und deren zugehorige Konstellationen in einer Proteindatenbank sucht. Die einzelnen Filter- Bewertungsschritte dieses Dockingsystems sollen durch den Einsatz raumlicher Zugriffsstrukturen unterstutzt werden. Hier behandeln insbesondere die Verwendung eines effizienten robusten Feature-Index. Dieser dient dazu, aus dem Raum aller moglichen von Partnerproteinen Datenbank gute Kandidatenvorschlage ermitteln. Dazu werden im Vorfeld die Proteinoberflachen regionalisiert, k-dimensionalen Raum von Kennzahlen beschrieben einer raumlichen Indexstruktur verwaltet. Fur die Docking-Suche wird Anfrageprotein analog zusatzlich seine Kennzahlen komplementiert, so zum Komplement ahnliche Regionen als mogliche Docking-Stellen Index gefunden werden konnen. nachfolgenden Filterschritten des unter anderem das raumliche Passen genauer uberpruft.