Guidelines for MSAT and SNP panels that lead to high-quality data for genetic mark–recapture studies

摘要: Molecular markers with inadequate power to discriminate among individuals can lead false recaptures (shadows), and inaccurate genotyping missed (ghosts), potentially biasing genetic mark-recapture estimates. We used simulations examine the impact of microsatellite (MSAT) single nucleotide polymorphism (SNP) marker-set size, allelic frequency, multitubes approaches, sample matching protocols on shadow ghost events in mark- recapture studies, presenting guidance specifications for MSAT SNP marker panels, necessary produce high-quality data. Shadow are controllable by increasing number or selecting high discriminatory power; reasonably sized sets (e.g., ≥9 MSATs ≥32 SNPs) moderate diversity low probabilities errors. Ghost more challenging control dropout false-allele error rates produced erroneous mismatches sampling. Fortunately, error-tolerant protocols, which use information from positively loci between comparisons samples, achieve consensus genotypes effective at eliminating events. present a case study Pacific walrus, Odobenus rosmarus divergens (Illiger, 1815), using simulation results inform choices. Resume : Les marqueurs moleculaires pas assez puissants pour discriminer differents individus peuvent mener ade fausses (ombres), alors que le genotypage inexact peut ades manquees (fantomes), biaisant potentielle- ment les estimations genetiques basees sur marquage-recapture. Nous nous sommes servi de examiner l'incidence la taille d'ensembles microsatellites et polymorphisme mononucleotidique (SNP), frequence allelique, d'approches multieprouvettes protocoles d'appariement d'echantillons evenements d'ombre fantome dans etudes marquage-recapture, presentons des directives panels necessaires produire donnees grande qualite. ombres etre controles en augmentant nombre ou selectionnant dotes d'un grand pouvoir discrimination; ensembles raisonnable (p. ex., SNP) diversite allelique moderee entrainent faibles probabilites d'erreurs decoulant d'ombres. fantomes sont plus difficiles acontroler, taux perte d'erreur faux allele ont produit eleves mesapparie- ments errones l'echantillonnage Heureusement, avec une bonne tolerance al'erreur qui utilisent l'information issue l'appariement positif sites entre comparaisons obtenir consensuels efficaces eliminer fantomes. etude cas morse du Pacifique, fait appel aux resultats eclairer selection genetiques. (Traduit par Redaction) Mots-cles genetique microsatellite, mononucleotidique, erreur genotypage, probabilite d'identite.