Formbasierte Suche nach komplementären 3D-Oberflächen in einer Protein-Datenbank

摘要: Die Komplementarität der 3D-Oberflächen von Proteinen ist neben den physikochemischen Eigenschaften ein entscheidendes Kriterium dafür, ob und an welchen Stellen zwei Proteine miteinander wechselwirken, d.h. docken, können. Anders als in Geo-Datenbanksystemen, die Anfragen nach Objekten mit einer gegebenen räumlichen Lage und Ausdehnung unterstützen, werden deshalb beim Pro- tein-Docking Objekte aufgrund ihrer Form gesucht. Wir beginnen mit einer Darstellung der Anforderungen dieser neuen Anwendung an Datenbanksysteme. Zur effizienten Anfragebearbeitung übernehmen wir die in Geo-Datenbanksystemen bewährte Technik der mehrstufigen Anfragebearbeitung, die den Kreis der potentiellen Dockingkandidaten sehr schnell einengt. Der Filterschritt benutzt eine Beschreibung der geometrischen Oberflächencharakteristik mit Hilfe rotations- und translationsunabhängiger …