Étude de la co-évolution des éléments codants et non-codants des génomes bactériens

摘要: Les ARN non-codants (ARNnc) forment une classe heterogene d’elements transcrits mais non traduits qui participent, par l’intermediaire de leur structure et/ou sequence, a grande diversite processus cellulaire selon multiple modalites. Ces dernieres annees, un grand nombre d’ARNnc ont ete detectes experimentalement dans les genomes et aujourd’hui ARNnc sont consideres comme des acteurs majeurs la biologie cellules eucaryotes, bacteriennes archaeennes. Malgre ces recentes avancees, l’etape detection experimentale necessite toujours investissement important en temps reste encore rarement suivie d’une caracterisation fonctionnelle elements ainsi identifies. Partant constatations, nous avons developpe methode in-silico bacteriens que appelee NAPP pour « Nucleic Acid Phylogenetic Profiling ». est adaptation du profilage phylogenetique, utilisee predire fonction proteine inconnue. analyse co-occurrence codants d’un genome reference toutes especes disponibles. Il construit groupes d’histoire phylogenetique similaire donc probablement dependants uns autres, contraints conserver l’integrite cellulaire. Parmi groupes, certains presentent enrichissement connus, ce permis logiquement faire outil bacteriens. En comparaison d’autres outils bioinformatiques, performances notre programme quantifiees se averees tres favorables plusieurs modeles. Mais validation egalement experimentale, permettant decouverte 7 nouveaux chez S. Aureus. L’un ARNnc, RsaOG, particulierement retenu attention. effet, fortement exprime conserve uniquement le genre Staphylococcus, RsaOG pourrait presenter pseudo-noeud jamais observee connaissance agissant trans. Apres etape prediction ses cibles putatives, recherchons actuellement valider integrer physiologie Staphylocoques. caracteristique plus interessante sa capacite intrinseque fournir indication sur qu’il classifie. l’analyse l’enrichissement certaines fonctions peut, meilleur cas, constituer indice inconnue contenus groupes. Ce type d’analyse permis, B. Subtilis, d’observer qu’un nouvel appele CsfG, regroupait phylogenetiquement avec quasiment moitie genes impliques sporulation. Nous infere CsfG etait potentiellement lui-meme implique sporulation etudes experimentales confirmer l’implication validant regulation facteurs Sigma F G specifiques formation prespore.