GENOMICS: Shotgun Sequencing of the Human Genome

A. Goffeau, R. Aert, M. L. Agostini-Carbone, K. Holmstrøm, O. Horaitis, T. S. Horsnell, M.-E. Huang, B. Hughes, S. Hunicke-Smith, S. Hunt, S. E. Hunt, K. Huse, R. W. Hyman, F. Iborra, K. J. Indge, I. Iraqui Houssaini, K. Isono, C. Jacq, M. Jacquet, A. Jacquier, K. Jagels, W. Jäger, C. M. James, J. C. Jauniaux, Y. Jia, M. Jier, A. Jimenez, D. Johnson, L. Johnston, M. Johnston, M. Jones, J.-L. Jonniaux, D. B. Kaback, T. Kallesøe, S. Kalman, A. Kalogeropoulos, L. Karpfinger-Hartl, D. Kashkari, C. Katsoulou, A. Kayser, A. Kelly, T. Keng, H. Keuchel, P. Kiesau, L. Kirchrath, J. Kirsten, K. Kleine, U. Kleinhans, R. Klima, C. Komp, E. Kordes, S. Korol, P. Kötter, C. Krämer, B. Kramer, P. Kreisl, T. Kucaba, H. Kuester, O. Kurdi, P. Laamanen, M. J. Lafuente, O. Landt, G. Lanfranchi, Y. Langston, D. Lashkari, P. Latreille, G. Lauquin, T. Le, P. Legrain, Y. Legros, A. Lepingle, H. Lesveque, H. Leuther, H. Lew, C. Lewis, Z. Y. Li, S. Liebl, A. Lin, D. Lin, M. Logghe, A. J. E. Lohan, E. J. Louis, G. Lucchini, K. Lutzenkirchen, R. Lyck, G. Lye, A. C. Maarse, M. J. Maat, C. Macri, A. Madania, M. Maftahi, A. Maia e Silva, E. Maillier, L. Mallet, G. Mannhaupt, V. Manus, R. Marathe, C. Marck, A. Marconi, E. Mardis, E. Martegani, R. Martin, A. Mathieu, C. T. C. Maurer, M. J. Mazón, C. Mazzoni, D. McConnell, S. McDonald, R. A. McKee, A. D. K. McReynolds, P. Melchioretto, S. Menezes, F. Messenguy, H. W. Mewes, G. Michaux, N. Miller, O. Minenkova, T. Miosga, S. Mirtipati, S. Möller-Rieker, D. Möstl, F. Molemans, A. Monnet, A-L. Monnier, M. A. Montague, M. Moro, D. Mosedale, D. Möstl, S. Moule, L. Mouser, Y. Murakami, F. Del Rey, J. Demolder, N. Démolis, K. Devlin, P. de Wergifosse, F. S. Dietrich, H. Ding, C. Dion, T. Dipaolo, F. Doignon, C. Doira, H. Domdey, J. Dover, Z. Du, E. Dubois, B. Dujon, M. Duncan, P. Durand, A. Düsterhöft, S. Düsterhus, T. Eki, M. El Bakkoury, L. G. Eide, K.-D. Entian, P. Eraso, D. Erdmann, H. Erfle, V. Escribano, M. Esteban, L. Fabiani, F. Fabre, C. Fairhead, B. Fartmann, A. Favello, G. Faye, H. Feldmann, L. Fernandes, F. Feroli, M. Feuermann, T. Fiedler, W. Fiers, U. N. Fleig, M. Flöth, G. M. Fobo, N. Fortin, F. Foury, M. C. Francingues-Gaillard, L. Franco, A. Fraser, J.D. Friesen, C. Fritz, L. Frontali, H. Fukuhara, L. Fulton, L. J. Fuller, C. Gabel, C. Gaillardin, L. Gaillon, F. Galibert, F. Galisson, P. Galland, F.-J. Gamo, C. Gancedo, J. M. Garcia-Cantalejo, M. I. García-Gonzalez, J. J. Garcia-Ramirez, M. García-Saéz, H. Gassenhuber, M. Gatius, S. Gattung, C. Geisel, M. E. Gent, S. Gentles, M. Ghazvini, D. Gigot, V. Gilliquet, N. Glansdorff, A. Gómez-Peris, A. Gonzaléz, S. E. Goulding, C. Granotier, T. Greco, M. Grenson, P. Grisanti, L. A. Grivell, D. Grothues, U. Gueldener, P. Guerreiro, E. Guzman, M. Haasemann, B. Habbig, H. Hagiwara, J. Hall, K. Hallsworth, N. Hamlin, N. J. Hand, V. Hanemann, J. Hani, T. Hankeln, M. Hansen, D. Harris, D. E. Harris, G. Hartzell, D. Hatat, U. Hattenhorst, J. Hawkins, U. Hebling, J. Hegemann, C. Hein, A. Hennemann, K. Hennessy, C. J. Herbert, K. Hernandez, Y. Hernando, E. Herrero, K. Heumann, D. Heuss- Neitzel, N. Hewitt, R. Hiesel, H. Hilbert, F. Hilger, L. Hillier, C. Ho, J. Hoenicka, B. Hofmann, J. Hoheisel, S. Hohmann, C. P. Hollenberg, S. Müller-Auer, J. Mulligan, L. Murphy, M. Muzi Falconi, M. Naitou, K. Nakahara, A. Namath, F. Nasr, L. Navas, A. Nawrocki, J. Nelson, U. Nentwich, P. Netter, R. Neu, C. S. Newlon, M. Nhan, J.-M. Nicaud, R. K. Niedenthal, C. Nombela, D. Noone, R. Norgren, B. Nußbaumer, B. Obermaier, C. Odell, P. Öfner, C. Oh, K. Oliver, S. G. Oliver, B. F. Ouellette, M. Ozawa, V. Paces, C. Pallier, D. Pandolfo, L. Panzeri, S. Paoluzi, A. G. Parle-Mcdermott, S. Pascolo, N. Patricio, A. Pauley, L. Paulin, B. M. Pearson, D. Pearson, D. Peluso, J. Perea, M. Pérez-Alonso, J. E. Pérez-Ortin, A. Perrin, F. X. Petel, B. Pettersson, F. Pfeiffer, P. Philippsen, A. Piérard, E. Piravandi, R. J. Planta, P. Plevani, O. Poch, B. Poetsch, F. M. Pohl, T. M. Pohl, R. Pöhlmann, R. Poirey, D. Portetelle, F. Portillo, S. Potier, M. Proft, H. Prydz, A. Pujol, B. Purnelle, V. Puzos, M. A. Rajandream, M. Ramezani Rad, S. W. Rasmussen, A. Raynal, S. Rechmann, M. Remacha, J. L. Revuelta, P. Rice, G-F. Richard, P. Richterich, M. Rieger, L. Rifken, L. Riles, T. Rinaldi, M. Rinke, A. B. Roberts, D. Roberts, F. Rodriguez, E. Rodriguez-Belmonte, C. Rodriguez-Pousada, A. M. Rodriguez-Torres, M. Rose, R. Rossau, N. Rowley, T. Rupp, M. Ruzzi, W. Saeger, J. E. Saiz, M. Saliola, D. Salom, H. P. Saluz, M. Sánchez-Perez, M. A. Santos, E. Sanz, J. E. Sanz, A.-M. Saren, F. Sartorello, M. Sasanuma, S-I. Sasanuma, T. Scarcez, I. Schaaf-Gerstenschläger, B. Schäfer, M. Schäfer, M. Scharfe, B. Scherens, N. Schroff, M. Sen-Gupta, T. Shibata, T. Schmidheini, E. R. Schmidt, C. Schneider, P. Scholler, S. Schramm, A. Schreer, M. Schröder, C. Schwager, S. Schwarz, C. Schwarzlose, B. Schweitzer, A. Ahmed, M. Aigle, L. Alberghina, K. Albermann, M. Albers, M. Aldea, D. Alexandraki, G. Aljinovic, E. Allen, J. Alt-Mörbe, B. André, S. Andrews, W. Ansorge, G. Antoine, R. Anwar, A. Aparicio, R. Araujo, J. Arino, F. Arnold, J. Arroyo, E. Aviles, U. Backes, M. C. Baclet, K. Badcock, A. Bahr, V. Baladron, J. P. G. Ballesta, A. T. Bankier, A. Banrevi, M. Bargues, L. Baron, T. Barreiros, B. G. Barrell, C. Barthe, A. B. Barton, A. Baur, A.-M. Bécam, A. Becker, I. Becker, J. Beinhauer, V. Benes, P. Benit, G. Berben, E. Bergantino, P. Bergez, A. Berno, I. Bertani, N. Biteau, A. J. Bjourson, H. Blöcker, C. Blugeon, C. Bohn, E. Boles, P. A. Bolle, M. Bolotin-Fukuhara, R. Bordonné, J. Boskovic, P. Bossier, D. Botstein, G. Bou, S. Bowman, J. Boyer, P. Brandt, T. Brandt, M. Brendel, T. Brennan, R. Brinkman, A. Brown, A. J. P. Brown, D. Brown, M. Brückner, C. V. Bruschi, J. M. Buhler, M. J. Buitrago, F. Bussereau, H. Bussey, A. Camasses, C. Carcano, G. Carignani, J. Carpenter, A. Casamayor, C. Casas, L. Castagnoli, H. Cederberg, E. Cerdan, N. Chalwatzis, R. Chanet, E. Chen, G. Chéret, J. M. Cherry, T. Chillingworth, C. Christiansen, J.-C. Chuat, E. Chung, C. Churcher, C. M. Churcher, M. W. Clark, M. L. Clemente, A. Coblenz, M. Coglievina, E. Coissac, L. Colleaux, R. Connor, R. Contreras, J. Cooper, T. Copsey, F. Coster, R. Coster, J. Couch, M. Crouzet, C. Cziepluch, B. Daignan-Fornier, F. Dal Paro, D. V. Dang, M. D’Angelo, C. J. Davies, K. Davis, R. W. Davis, A. De Antoni, S. Dear, K. Dedman, E. Defoor, M. De Haan, Th. Delaveau, S. Del Bino, M. Delgado, H. Delius, D. Delneri, M. Schweizer, A-M. Sdicu, P. Sehl, C. Sensen, J. G. Sgouros, T. Shogren, L. Shore, Y. Shu, J. Skala, J. Skelton, P. P. Slonimski, P. H. M. Smit, V. Smith, H. Soares, E. Soeda, A. Soler-Mira, F. Sor, N. Soriano, J. L. Souciet, C. Soustelle, R. Spiegelberg, L. I. Stateva, H. Y. Steensma, J. Stegemann, S. Steiner, L. Stellyes, F. Sterky, R. K. Storms, H. St. Peter, R. Stucka, A. Taich, E. Talla, I. Tarassov, H. Tashiro, P. Taylor, C. Teodoru, H. Tettelin, A. Thierry, G. Thireos, E. Tobiasch, D. Tovan, E. Trevaskis, Y. Tsuchiya, M. Tzermia, M. Uhlen, A. Underwood, M. Unseld, J. H. M. Urbanus, A. Urrestarazu, S. Ushinsky, M. Valens, G. Valle, A. Van Broekhoven, M. Vandenbol, Q. J. M. Van Der Aart, C. G. Van Der Linden, L. Van Dyck, M. Vanoni, J. C. Van Vliet-Reedijk, A. Vassarotti, M. Vaudin, K. Vaughan, P. Verhasselt, I. Vetter, F. Vierendeels, D. Vignati, C. Vilela, S. Vissers, C. Vleck, D. T. Vo, D. H. Vo, M. Voet, G. Volckaert, D. Von Wettstein, H. Voss, P. Vreken, G. Wagner, S. V. Walsh, R. Wambutt, H. Wang, Y. Wang, J. R. Warmington, R. Waterston, M. D. Watson, N. Weber, E. Wedler, H. Wedler, Y. Wei, S. Whitehead, B. L. Wicksteed, S. Wiemann, L. Wilcox, C. Wilson, R. Wilson, A. Winant, E. Winnett, B. Winsor, P. Wipfli, S. Wölfl, P. Wohldman, K. Wolf, K. H. Wolfe, L. F. Wright, H. Wurst, G. Xu, M. Yamasaki, M. A. Yelton, K. Yokohama, A. Yoshikawa, S. Yuping, P. Zaccaria, M. Zagulski, F. K. Zimmermann, J. Zimmermann, M. Zimmermann, W-W. Zhong, A. Zollner, E. Zumstein, The yeast genome directory. Nature. ,vol. 387, pp. 5- 5 ,(1997) , 10.1038/387S005

Gerard Deckert, Patrick V Warren, Terry Gaasterland, William G Young, Anna L Lenox, David E Graham, Ross Overbeek, Marjory A Snead, Martin Keller, Monette Aujay, Robert Huber, Robert A Feldman, Jay M Short, Gary J Olsen, Ronald V Swanson, None, The complete genome of the hyperthermophilic bacterium Aquifex aeolicus Nature. ,vol. 392, pp. 353- 358 ,(1998) , 10.1038/32831

D R Smith, L A Doucette-Stamm, C Deloughery, H Lee, J Dubois, T Aldredge, R Bashirzadeh, D Blakely, R Cook, K Gilbert, D Harrison, L Hoang, P Keagle, W Lumm, B Pothier, D Qiu, R Spadafora, R Vicaire, Y Wang, J Wierzbowski, R Gibson, N Jiwani, A Caruso, D Bush, J N Reeve, Complete genome sequence of Methanobacterium thermoautotrophicum deltaH: functional analysis and comparative genomics. Journal of Bacteriology. ,vol. 179, pp. 7135- 7155 ,(1997) , 10.1128/JB.179.22.7135-7155.1997

Colette Dib, Sabine Fauré, Cécile Fizames, Delphine Samson, Nathalie Drouot, Alain Vignal, Philippe Millasseau, Sophie Marc, Jamile Kazan, Eric Seboun, Mark Lathrop, Gabor Gyapay, Jean Morissette, Jean Weissenbach, A comprehensive genetic map of the human genome based on 5,264 microsatellites Nature. ,vol. 380, pp. 152- 154 ,(1996) , 10.1038/380152A0

Robert D Fleischmann, Mark D Adams, Owen White, Rebecca A Clayton, Ewen F Kirkness, Anthony R Kerlavage, Carol J Bult, Jean-Francois Tomb, Brian A Dougherty, Joseph M Merrick, Keith McKenney, Granger Sutton, Will FitzHugh, Chris Fields, Jeannine D Gocayne, John Scott, Robert Shirley, Li-lng Liu, Anna Glodek, Jenny M Kelley, Janice F Weidman, Cheryl A Phillips, Tracy Spriggs, Eva Hedblom, Matthew D Cotton, Teresa R Utterback, Michael C Hanna, David T Nguyen, Deborah M Saudek, Rhonda C Brandon, Leah D Fine, Janice L Fritchman, Joyce L Fuhrmann, NSM Geoghagen, Cheryl L Gnehm, Lisa A McDonald, Keith V Small, Claire M Fraser, Hamilton O Smith, J Craig Venter, Whole-genome random sequencing and assembly of Haemophilus influenzae Rd. Science. ,vol. 269, pp. 496- 512 ,(1995) , 10.1126/SCIENCE.7542800

H. Shizuya, B. Birren, U. J. Kim, V. Mancino, T. Slepak, Y. Tachiiri, M. Simon, Cloning and stable maintenance of 300-kilobase-pair fragments of human DNA in Escherichia coli using an F-factor-based vector. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. ,vol. 89, pp. 8794- 8797 ,(1992) , 10.1073/PNAS.89.18.8794

C. M. Fraser, J. D. Gocayne, O. White, M. D. Adams, R. A. Clayton, R. D. Fleischmann, C. J. Bult, A. R. Kerlavage, G. Sutton, J. M. Kelley, J. L. Fritchman, J. F. Weidman, K. V. Small, M. Sandusky, J. Fuhrmann, D. Nguyen, T. R. Utterback, D. M. Saudek, C. A. Phillips, J. M. Merrick, J.-F. Tomb, B. A. Dougherty, K. F. Bott, P.-C. Hu, T. S. Lucier, The minimal gene complement of Mycoplasma genitalium Science. ,vol. 270, pp. 397- 403 ,(1995) , 10.1126/SCIENCE.270.5235.397

Ladeana Hillier, Greg Lennon, Michael Becker, M Fatima Bonaldo, Brandi Chiapelli, Stephanie Chissoe, Nicole Dietrich, Treasa DuBuque, Anthony Favello, Warren Gish, Maria Hawkins, Monica Hultman, Tamara Kucaba, Michelle Lacy, Maithao Le, Nha Le, Elaine Mardis, Bradley Moore, Matthew Morris, Jeremy Parsons, Christa Prange, Lisa Rifkin, Theresa Rohlfing, Kurt Schellenberg, M Marra, None, Generation and analysis of 280,000 human expressed sequence tags. Genome Research. ,vol. 6, pp. 807- 828 ,(1996) , 10.1101/GR.6.9.807

G. D. Schuler, M. S. Boguski, E. A. Stewart, L. D. Stein, G. Gyapay, K. Rice, R. E. White, P. Rodriguez-Tom , A. Aggarwal, E. Bajorek, S. Bentolila, B. B. Birren, A. Butler, A. B. Castle, N. Chiannilkulchai, A. Chu, C. Clee, S. Cowles, P. J. R. Day, T. Dibling, C. East, N. Drouot, I. Dunham, S. Duprat, C. Edwards, J.-B. Fan, N. Fang, C. Fizames, C. Garrett, L. Green, D. Hadley, M. Harris, P. Harrison, S. Brady, A. Hicks, E. Holloway, L. Hui, S. Hussain, C. Louis-Dit-Sully, J. Ma, A. MacGilvery, C. Mader, A. Maratukulam, T. C. Matise, K. B. McKusick, J. Morissette, A. Mungall, D. Muselet, H. C. Nusbaum, D. C. Page, A. Peck, S. Perkins, M. Piercy, F. Qin, J. Quackenbush, S. Ranby, T. Reif, S. Rozen, C. Sanders, X. She, J. Silva, D. K. Slonim, C. Soderlund, W.-L. Sun, P. Tabar, T. Thangarajah, N. Vega-Czarny, D. Vollrath, S. Voyticky, T. Wilmer, X. Wu, M. D. Adams, C. Auffray, N. A. R. Walter, R. Brandon, A. Dehejia, P. N. Goodfellow, R. Houlgatte, J. R. Hudson, S. E. Ide, K. R. Iorio, W. Y. Lee, N. Seki, T. Nagase, K. Ishikawa, N. Nomura, C. Phillips, M. H. Polymeropoulos, M. Sandusky, K. Schmitt, R. Berry, K. Swanson, R. Torres, J. C. Venter, J. M. Sikela, J. S. Beckmann, J. Weissenbach, R. M. Myers, D. R. Cox, M. R. James, D. Bentley, P. Deloukas, E. S. Lander, T. J. Hudson, A gene map of the human genome Science. ,vol. 274, pp. 540- 546 ,(1996) , 10.1126/SCIENCE.274.5287.540

M. Adams, J. Kelley, J. Gocayne, M. Dubnick, M. Polymeropoulos, H. Xiao, C. Merril, A. Wu, B. Olde, R. Moreno, a. et, Complementary DNA sequencing : expressed sequence tags and human genome project Science. ,vol. 252, pp. 1651- 1656 ,(1991) , 10.1126/SCIENCE.2047873