Two-Stage Testing Strategies for Genome-Wide Association Studies in Family-Based Designs

作者: Amy Murphy , Scott T. Weiss , Christoph Lange

DOI: 10.1007/978-1-60761-580-4_17

关键词:

摘要: … review the basic concepts of family-based association tests (TDTs/… methods in the context of large-scale association studies. … The PBAT package is an integrated package that covers all …

参考文章(81)
W J Ewens, R S Spielman, R E McGinnis, Transmission test for linkage disequilibrium: the insulin gene region and insulin-dependent diabetes mellitus (IDDM). American Journal of Human Genetics. ,vol. 52, pp. 506- 516 ,(1993)
Darroch H Hall, Thahira Rahman, Peter J Avery, Bernard Keavney, INSIG-2 promoter polymorphism and obesity related phenotypes: association study in 1428 members of 248 families BMC Medical Genetics. ,vol. 7, pp. 83- 83 ,(2006) , 10.1186/1471-2350-7-83
Daniel J. Schaid, Steve S. Sommer, Comparison of statistics for candidate-gene association studies using cases and parents. American Journal of Human Genetics. ,vol. 55, pp. 402- 409 ,(1994)
N. Bradshaw, C. Brewer, G. Brice, B. Bullman, J. Campbell, B. Castle, R. Cetnarsryj, C. Chapman, C. Chu, N. Coates, T. Cole, R. Davidson, A. Donaldson, H. Dorkins, F. Douglas, D. Eccles, R. Eeles, F. Elmslie, D. G. Evans, S. Goff, S. Goodman, D. Goudie, J. Gray, L. Greenhalgh, H. Gregory, S. V. Hodgson, T. Homfray, R. S. Houlston, L. Izatt, L. Jackson, L. Jeffers, V. Johnson-Roffey, F. Kavalier, C. Kirk, F. Lalloo, C. Langman, I. Locke, M. Longmuir, J. Mackay, A. Magee, S. Mansour, Z. Miedzybrodzka, J. Miller, P. Morrison, V. Murday, J. Paterson, G. Pichert, M. Porteous, N. Rahman, M. Rogers, S. Rowe, S. Shanley, A. Saggar, G. Scott, L. Side, L. Snadden, M. Steel, M. Thomas, S. Thomas, M. I. McCarthy, A. T. Hattersley, , E. Zeggini, M. N. Weedon, C. M. Lindgren, T. M. Frayling, K. S. Elliott, H. Lango, N. J. Timpson, J. R. B. Perry, N. W. Rayner, R. M. Freathy, J. C. Barrett, B. Shields, A. P. Morris, S. Ellard, C. J. Groves, L. W. Harries, J. L. Marchini, K. R. Owen, B. Knight, L. R. Cardon, M. Walker, G. A. Hitman, A. D. Morris, A. S. F. Doney, P. R. Burton, D. G. Clayton, N. Craddock, P. Deloukas, A. Duncanson, D. P. Kwiatkowski, W. H. Ouwehand, N. J. Samani, J. A. Todd, P. Donnelly, D. Davison, D. Easton, D. Evans, H.-T. Leung, C. C. A. Spencer, M. D. Tobin, A. P. Attwood, J. P. Boorman, B. Cant, U. Everson, J. M. Hussey, J. D. Jolley, A. S. Knight, K. Koch, E. Meech, S. Nutland, C. V. Prowse, H. E. Stevens, N. C. Taylor, G. R. Walters, N. M. Walker, N. A. Watkins, T. Winzer, R. W. Jones, W. L. McArdle, S. M. Ring, D. P. Strachan, M. Pembrey, G. Breen, D. St. Clair, S. Caesar, K. Gordon-Smith, L. Jones, C. Fraser, E. K. Green, D. Grozeva, M. L. Hamshere, P. A. Holmans, I. R. Jones, G. Kirov, V. Moskvina, I. Nikolov, M. C. O'Donovan, M. J. Owen, D. A. Collier, A. Elkin, A. Farmer, R. Williamson, P. McGuffin, A. H. Young, I. N. Ferrier, S. G. Ball, A. J. Balmforth, J. H. Barrett, D. T. Bishop, M. M. Iles, A. Maqbool, N. Yuldasheva, A. S. Hall, P. S. Braund, R. J. Dixon, M. Mangino, S. Stevens, J. R. Thompson, F. Bredin, M. Tremelling, M. Parkes, H. Drummond, C. W. Lees, E. R. Nimmo, J. Satsangi, S. A. Fisher, A. Forbes, C. M. Lewis, C. M. Onnie, N. J. Prescott, J. Sanderson, C. G. Mathew, J. Barbour, M. K. Mohiuddin, C. E. Todhunter, J. C. Mansfield, T. Ahmad, F. R. Cummings, D. P. Jewell, J. Webster, M. J. Brown, G. M. Lathrop, J. Connell, A. Dominiczak, C. A. Braga Marcano, B. Burke, R. Dobson, J. Gungadoo, K. L. Lee, P. B. Munroe, S. J. Newhouse, A. Onipinla, C. Wallace, M. Xue, M. Caulfield, M. Farrall, A. Barton, I. N. Bruce, H. Donovan, S. Eyre, P. D. Gilbert, S. L. Hider, A. M. Hinks, S. L. John, C. Potter, A. J. Silman, D. P. M. Symmons, W. Thomson, J. Worthington, D. B. Dunger, B. Widmer, M. Newport, G. Sirugo, E. Lyons, F. Vannberg, A. V. S. Hill, L. A. Bradbury, C. Farrar, J. J. Pointon, P. Wordsworth, M. A. Brown, J. A. Franklyn, J. M. Heward, M. J. Simmonds, S. C. L. Gough, S. Seal, M. R. Stratton, N. Rahman, M. Ban, A. Goris, S. J. Sawcer, A. Compston, D. Conway, M. Jallow, K. A. Rockett, S. J. Bumpstead, A. Chaney, K. Downes, M. J. R. Ghori, R. Gwilliam, S. E. Hunt, M. Inouye, A. Keniry, E. King, R. McGinnis, S. Potter, R. Ravindrarajah, P. Whittaker, C. Widden, D. Withers, N. J. Cardin, T. Ferreira, J. Pereira-Gale, I. B. Hallgrimsdottir, B. N. Howie, Z. Su, Y. Y. Teo, D. Vukcevic, D. Bentley, A. Compston, N. J. Ouwehand, M. R. Samani, J. D. Isaacs, A. W. Morgan, G. D. Wilson, A. Ardern-Jones, J. Berg, A. Brady, Replication of Genome-Wide Association Signals in UK Samples Reveals Risk Loci for Type 2 Diabetes Science. ,vol. 316, pp. 1336- 1341 ,(2007) , 10.1126/SCIENCE.1142364
Nan M. Laird, Christoph Lange, Family-based designs in the age of large-scale gene-association studies Nature Reviews Genetics. ,vol. 7, pp. 385- 394 ,(2006) , 10.1038/NRG1839
Iuliana Ionita-Laza, Matthew B. McQueen, Nan M. Laird, Christoph Lange, Genomewide Weighted Hypothesis Testing in Family-Based Association Studies, with an Application to a 100K Scan American Journal of Human Genetics. ,vol. 81, pp. 607- 614 ,(2007) , 10.1086/519748
Oksana Mokliatchouk, Deborah Blacker, Daniel Rabinowitz, Association tests for traits with variable age at onset. Human Heredity. ,vol. 51, pp. 46- 53 ,(2001) , 10.1159/000022959
Stuart Macgregor, Optimal Two-Stage Testing for Family-Based Genome-wide Association Studies American Journal of Human Genetics. ,vol. 82, pp. 797- 799 ,(2008) , 10.1016/J.AJHG.2008.02.003