Protein Interaction Verification and Functional Annotation by Integrated Analysis of Genome-Scale Data

L. Dirick, T. Böhm, K. Nasmyth, Roles and regulation of Cln-Cdc28 kinases at the start of the cell cycle of Saccharomyces cerevisiae. The EMBO Journal. ,vol. 14, pp. 4803- 4813 ,(1995) , 10.1002/J.1460-2075.1995.TB00162.X

Stefan Hohmann, Willem H. Mager, Yeast Stress Responses ,(1997)

Edward M. Marcotte, Matteo Pellegrini, Michael J. Thompson, Todd O. Yeates, David Eisenberg, A combined algorithm for genome-wide prediction of protein function Nature. ,vol. 402, pp. 83- 86 ,(1999) , 10.1038/47048

Oliver Fiehn, Joachim Kopka, Peter Dörmann, Thomas Altmann, Richard N. Trethewey, Lothar Willmitzer, Metabolite profiling for plant functional genomics Nature Biotechnology. ,vol. 18, pp. 1157- 1161 ,(2000) , 10.1038/81137

John Quackenbush, Computational analysis of microarray data Nature Reviews Genetics. ,vol. 2, pp. 418- 427 ,(2001) , 10.1038/35076576

A. Goffeau, R. Aert, M. L. Agostini-Carbone, K. Holmstrøm, O. Horaitis, T. S. Horsnell, M.-E. Huang, B. Hughes, S. Hunicke-Smith, S. Hunt, S. E. Hunt, K. Huse, R. W. Hyman, F. Iborra, K. J. Indge, I. Iraqui Houssaini, K. Isono, C. Jacq, M. Jacquet, A. Jacquier, K. Jagels, W. Jäger, C. M. James, J. C. Jauniaux, Y. Jia, M. Jier, A. Jimenez, D. Johnson, L. Johnston, M. Johnston, M. Jones, J.-L. Jonniaux, D. B. Kaback, T. Kallesøe, S. Kalman, A. Kalogeropoulos, L. Karpfinger-Hartl, D. Kashkari, C. Katsoulou, A. Kayser, A. Kelly, T. Keng, H. Keuchel, P. Kiesau, L. Kirchrath, J. Kirsten, K. Kleine, U. Kleinhans, R. Klima, C. Komp, E. Kordes, S. Korol, P. Kötter, C. Krämer, B. Kramer, P. Kreisl, T. Kucaba, H. Kuester, O. Kurdi, P. Laamanen, M. J. Lafuente, O. Landt, G. Lanfranchi, Y. Langston, D. Lashkari, P. Latreille, G. Lauquin, T. Le, P. Legrain, Y. Legros, A. Lepingle, H. Lesveque, H. Leuther, H. Lew, C. Lewis, Z. Y. Li, S. Liebl, A. Lin, D. Lin, M. Logghe, A. J. E. Lohan, E. J. Louis, G. Lucchini, K. Lutzenkirchen, R. Lyck, G. Lye, A. C. Maarse, M. J. Maat, C. Macri, A. Madania, M. Maftahi, A. Maia e Silva, E. Maillier, L. Mallet, G. Mannhaupt, V. Manus, R. Marathe, C. Marck, A. Marconi, E. Mardis, E. Martegani, R. Martin, A. Mathieu, C. T. C. Maurer, M. J. Mazón, C. Mazzoni, D. McConnell, S. McDonald, R. A. McKee, A. D. K. McReynolds, P. Melchioretto, S. Menezes, F. Messenguy, H. W. Mewes, G. Michaux, N. Miller, O. Minenkova, T. Miosga, S. Mirtipati, S. Möller-Rieker, D. Möstl, F. Molemans, A. Monnet, A-L. Monnier, M. A. Montague, M. Moro, D. Mosedale, D. Möstl, S. Moule, L. Mouser, Y. Murakami, F. Del Rey, J. Demolder, N. Démolis, K. Devlin, P. de Wergifosse, F. S. Dietrich, H. Ding, C. Dion, T. Dipaolo, F. Doignon, C. Doira, H. Domdey, J. Dover, Z. Du, E. Dubois, B. Dujon, M. Duncan, P. Durand, A. Düsterhöft, S. Düsterhus, T. Eki, M. El Bakkoury, L. G. Eide, K.-D. Entian, P. Eraso, D. Erdmann, H. Erfle, V. Escribano, M. Esteban, L. Fabiani, F. Fabre, C. Fairhead, B. Fartmann, A. Favello, G. Faye, H. Feldmann, L. Fernandes, F. Feroli, M. Feuermann, T. Fiedler, W. Fiers, U. N. Fleig, M. Flöth, G. M. Fobo, N. Fortin, F. Foury, M. C. Francingues-Gaillard, L. Franco, A. Fraser, J.D. Friesen, C. Fritz, L. Frontali, H. Fukuhara, L. Fulton, L. J. Fuller, C. Gabel, C. Gaillardin, L. Gaillon, F. Galibert, F. Galisson, P. Galland, F.-J. Gamo, C. Gancedo, J. M. Garcia-Cantalejo, M. I. García-Gonzalez, J. J. Garcia-Ramirez, M. García-Saéz, H. Gassenhuber, M. Gatius, S. Gattung, C. Geisel, M. E. Gent, S. Gentles, M. Ghazvini, D. Gigot, V. Gilliquet, N. Glansdorff, A. Gómez-Peris, A. Gonzaléz, S. E. Goulding, C. Granotier, T. Greco, M. Grenson, P. Grisanti, L. A. Grivell, D. Grothues, U. Gueldener, P. Guerreiro, E. Guzman, M. Haasemann, B. Habbig, H. Hagiwara, J. Hall, K. Hallsworth, N. Hamlin, N. J. Hand, V. Hanemann, J. Hani, T. Hankeln, M. Hansen, D. Harris, D. E. Harris, G. Hartzell, D. Hatat, U. Hattenhorst, J. Hawkins, U. Hebling, J. Hegemann, C. Hein, A. Hennemann, K. Hennessy, C. J. Herbert, K. Hernandez, Y. Hernando, E. Herrero, K. Heumann, D. Heuss- Neitzel, N. Hewitt, R. Hiesel, H. Hilbert, F. Hilger, L. Hillier, C. Ho, J. Hoenicka, B. Hofmann, J. Hoheisel, S. Hohmann, C. P. Hollenberg, S. Müller-Auer, J. Mulligan, L. Murphy, M. Muzi Falconi, M. Naitou, K. Nakahara, A. Namath, F. Nasr, L. Navas, A. Nawrocki, J. Nelson, U. Nentwich, P. Netter, R. Neu, C. S. Newlon, M. Nhan, J.-M. Nicaud, R. K. Niedenthal, C. Nombela, D. Noone, R. Norgren, B. Nußbaumer, B. Obermaier, C. Odell, P. Öfner, C. Oh, K. Oliver, S. G. Oliver, B. F. Ouellette, M. Ozawa, V. Paces, C. Pallier, D. Pandolfo, L. Panzeri, S. Paoluzi, A. G. Parle-Mcdermott, S. Pascolo, N. Patricio, A. Pauley, L. Paulin, B. M. Pearson, D. Pearson, D. Peluso, J. Perea, M. Pérez-Alonso, J. E. Pérez-Ortin, A. Perrin, F. X. Petel, B. Pettersson, F. Pfeiffer, P. Philippsen, A. Piérard, E. Piravandi, R. J. Planta, P. Plevani, O. Poch, B. Poetsch, F. M. Pohl, T. M. Pohl, R. Pöhlmann, R. Poirey, D. Portetelle, F. Portillo, S. Potier, M. Proft, H. Prydz, A. Pujol, B. Purnelle, V. Puzos, M. A. Rajandream, M. Ramezani Rad, S. W. Rasmussen, A. Raynal, S. Rechmann, M. Remacha, J. L. Revuelta, P. Rice, G-F. Richard, P. Richterich, M. Rieger, L. Rifken, L. Riles, T. Rinaldi, M. Rinke, A. B. Roberts, D. Roberts, F. Rodriguez, E. Rodriguez-Belmonte, C. Rodriguez-Pousada, A. M. Rodriguez-Torres, M. Rose, R. Rossau, N. Rowley, T. Rupp, M. Ruzzi, W. Saeger, J. E. Saiz, M. Saliola, D. Salom, H. P. Saluz, M. Sánchez-Perez, M. A. Santos, E. Sanz, J. E. Sanz, A.-M. Saren, F. Sartorello, M. Sasanuma, S-I. Sasanuma, T. Scarcez, I. Schaaf-Gerstenschläger, B. Schäfer, M. Schäfer, M. Scharfe, B. Scherens, N. Schroff, M. Sen-Gupta, T. Shibata, T. Schmidheini, E. R. Schmidt, C. Schneider, P. Scholler, S. Schramm, A. Schreer, M. Schröder, C. Schwager, S. Schwarz, C. Schwarzlose, B. Schweitzer, A. Ahmed, M. Aigle, L. Alberghina, K. Albermann, M. Albers, M. Aldea, D. Alexandraki, G. Aljinovic, E. Allen, J. Alt-Mörbe, B. André, S. Andrews, W. Ansorge, G. Antoine, R. Anwar, A. Aparicio, R. Araujo, J. Arino, F. Arnold, J. Arroyo, E. Aviles, U. Backes, M. C. Baclet, K. Badcock, A. Bahr, V. Baladron, J. P. G. Ballesta, A. T. Bankier, A. Banrevi, M. Bargues, L. Baron, T. Barreiros, B. G. Barrell, C. Barthe, A. B. Barton, A. Baur, A.-M. Bécam, A. Becker, I. Becker, J. Beinhauer, V. Benes, P. Benit, G. Berben, E. Bergantino, P. Bergez, A. Berno, I. Bertani, N. Biteau, A. J. Bjourson, H. Blöcker, C. Blugeon, C. Bohn, E. Boles, P. A. Bolle, M. Bolotin-Fukuhara, R. Bordonné, J. Boskovic, P. Bossier, D. Botstein, G. Bou, S. Bowman, J. Boyer, P. Brandt, T. Brandt, M. Brendel, T. Brennan, R. Brinkman, A. Brown, A. J. P. Brown, D. Brown, M. Brückner, C. V. Bruschi, J. M. Buhler, M. J. Buitrago, F. Bussereau, H. Bussey, A. Camasses, C. Carcano, G. Carignani, J. Carpenter, A. Casamayor, C. Casas, L. Castagnoli, H. Cederberg, E. Cerdan, N. Chalwatzis, R. Chanet, E. Chen, G. Chéret, J. M. Cherry, T. Chillingworth, C. Christiansen, J.-C. Chuat, E. Chung, C. Churcher, C. M. Churcher, M. W. Clark, M. L. Clemente, A. Coblenz, M. Coglievina, E. Coissac, L. Colleaux, R. Connor, R. Contreras, J. Cooper, T. Copsey, F. Coster, R. Coster, J. Couch, M. Crouzet, C. Cziepluch, B. Daignan-Fornier, F. Dal Paro, D. V. Dang, M. D’Angelo, C. J. Davies, K. Davis, R. W. Davis, A. De Antoni, S. Dear, K. Dedman, E. Defoor, M. De Haan, Th. Delaveau, S. Del Bino, M. Delgado, H. Delius, D. Delneri, M. Schweizer, A-M. Sdicu, P. Sehl, C. Sensen, J. G. Sgouros, T. Shogren, L. Shore, Y. Shu, J. Skala, J. Skelton, P. P. Slonimski, P. H. M. Smit, V. Smith, H. Soares, E. Soeda, A. Soler-Mira, F. Sor, N. Soriano, J. L. Souciet, C. Soustelle, R. Spiegelberg, L. I. Stateva, H. Y. Steensma, J. Stegemann, S. Steiner, L. Stellyes, F. Sterky, R. K. Storms, H. St. Peter, R. Stucka, A. Taich, E. Talla, I. Tarassov, H. Tashiro, P. Taylor, C. Teodoru, H. Tettelin, A. Thierry, G. Thireos, E. Tobiasch, D. Tovan, E. Trevaskis, Y. Tsuchiya, M. Tzermia, M. Uhlen, A. Underwood, M. Unseld, J. H. M. Urbanus, A. Urrestarazu, S. Ushinsky, M. Valens, G. Valle, A. Van Broekhoven, M. Vandenbol, Q. J. M. Van Der Aart, C. G. Van Der Linden, L. Van Dyck, M. Vanoni, J. C. Van Vliet-Reedijk, A. Vassarotti, M. Vaudin, K. Vaughan, P. Verhasselt, I. Vetter, F. Vierendeels, D. Vignati, C. Vilela, S. Vissers, C. Vleck, D. T. Vo, D. H. Vo, M. Voet, G. Volckaert, D. Von Wettstein, H. Voss, P. Vreken, G. Wagner, S. V. Walsh, R. Wambutt, H. Wang, Y. Wang, J. R. Warmington, R. Waterston, M. D. Watson, N. Weber, E. Wedler, H. Wedler, Y. Wei, S. Whitehead, B. L. Wicksteed, S. Wiemann, L. Wilcox, C. Wilson, R. Wilson, A. Winant, E. Winnett, B. Winsor, P. Wipfli, S. Wölfl, P. Wohldman, K. Wolf, K. H. Wolfe, L. F. Wright, H. Wurst, G. Xu, M. Yamasaki, M. A. Yelton, K. Yokohama, A. Yoshikawa, S. Yuping, P. Zaccaria, M. Zagulski, F. K. Zimmermann, J. Zimmermann, M. Zimmermann, W-W. Zhong, A. Zollner, E. Zumstein, The yeast genome directory. Nature. ,vol. 387, pp. 5- 5 ,(1997) , 10.1038/387S005

Hui Ge, Zhihua Liu, George M. Church, Marc Vidal, Correlation between transcriptome and interactome mapping data from Saccharomyces cerevisiae Nature Genetics. ,vol. 29, pp. 482- 486 ,(2001) , 10.1038/NG776

Michael P. Washburn, Dirk Wolters, John R. Yates, Large-scale analysis of the yeast proteome by multidimensional protein identification technology. Nature Biotechnology. ,vol. 19, pp. 242- 247 ,(2001) , 10.1038/85686

Laurie Issel-Tarver, Karen R. Christie, Kara Dolinski, Rey Andrada, Rama Balakrishnan, Catherine A. Ball, Gail Binkley, Stan Dong, Selina S. Dwight, Dianna G. Fisk, Midori Harris, Mark Schroeder, Anand Sethuraman, Kane Tse, Shuai Weng, David Botstein, J. Michael Cherry, Saccharomyces Genome Database. Methods in Enzymology. ,vol. 350, pp. 329- 346 ,(2002) , 10.1016/S0076-6879(02)50972-1

Petra Ross-Macdonald, Paulo SR Coelho, Terry Roemer, Seema Agarwal, Anuj Kumar, Ronald Jansen, Kei-Hoi Cheung, Amy Sheehan, Dawn Symoniatis, Lara Umansky, Matthew Heidtman, F Kenneth Nelson, Hiroshi Iwasaki, Karl Hager, Mark Gerstein, Perry Miller, G Shirleen Roeder, Michael Snyder, None, Large-scale analysis of the yeast genome by transposon tagging and gene disruption Nature. ,vol. 402, pp. 413- 418 ,(1999) , 10.1038/46558